بخش پزشکی به عنوان یکی از بخشهایی شناخته شده است که جزو اولین ها در استفاده از پرینت سه بعدی به شمار میرود، همچنین این بخش با توجه به قابلیت های سفارشی سازی و شخصی سازی فنآوری ها و توانایی بهبود زندگی افراد به عنوان بخشی با پتانسیل عظیم برای رشد در نظر گرفته میشود زیرا فرآیندها بهبود مییابند و مواد ایجاد میشوند که این امر با استانداردهای پزشکی سازگار است.
فنآوری های پرینت سه بعدی برای تعداد زیادی از کاربردهای مختلف استفاده میشوند. علاوه بر ساخت نمونه های اولیه برای پشتیبانی از ساخت محصول جدید در صنایع پزشکی و دندانپزشکی، از این فنآوری در موارد ذکر شده هم استفاده میشود: ایجاد الگوهای ریخته گری فلز در ساخت روکش های دندان و در ساخت ابزاری که روی آن پلاستیک به شکل خلاء برای سیمهای ارتودنسی دندان بکار برده میشود. همچنین از این فنآوری بطور مستقیم به منظور تولید ایمپلنت های مفصل ران و زانو، و محصولات قراردادی ویژه ی بیمار، مانند سمعک، کف ارتوتیک برای کفش، پروتز شخصی سازی و ایمپلنت های یکباره برای بیماران مبتلا به بیماریهایی مانند آرتروز، پوکی استخوان و سرطان، و همچنین مجروحان حوادث و تروما استفاده میشود. دستورالعملهای جراحی چاپ شده بصورت سه بعدی برای عملیات خاص نیز یک کاربرد در حال ظهور هستند که به جراحان در کارشان و به بیماران در بهبودشان کمک میکنند. این فنآوری همچنین برای پرینت سه بعدی از پوست، استخوان، بافت، داروها و حتی اعضای بدن انسان ایجاد میشوند. با اینحال، فاصله ی زیادی با تجاری سازی این فنآوری ها وجود دارد.